Na čele úradu je regionálny hygienik, ktorého vymenúva a odvoláva na návrh ministra zdravotníctva hlavný hygienik SR. Regionálny hygienik je generálnym tajomníkom služobného úradu pre štátnych zamestnancov úradu a štatutárnym orgánom zamestnávateľa pre ostatných zamestnancov úradu.

Regionálny hygienik je štatutárny orgán - generálny tajomník služobného úradu. Je oprávnený konať vo všetkých veciach v mene úradu. V riadiacej a rozhodovacej činnosti je viazaný všeobecne záväznými právnymi predpismi.

• určenie vnútornej organizácie úradu vrátane vymedzenia pôsobnosti a úloh organizačných útvarov
• určenie spôsobu plnenia odborných úloh, použitia rozpočtových prostriedkov
• uplatňovanie práv úradu zo škôd, spôsob a rozsah vymáhania, nakladanie s pohľadávkami
• zabezpečovanie úloh úradu pri obrane štátu, civilnej ochrane a pri organizácii a výkone vnútornej kontroly úradu
• menovanie a odvolanie predstavených, zástupcu generálneho tajomníka služobného úradu, zástupcu predstaveného